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혐기성 소화 저해물질은 메탄생성균 등 미생물 활성을 억제해 소화효율·바이오가스 생산을 떨어뜨리는 물질로, 휘발성지방산(VFA) 축적, 암모니아성 질소(FAN), 황화물(H2S), 중금속, 염류(Na·K), 산소 등이 대표적이다. 특히 유리암모니아는 pH·온도 상승 시 독성이 커지고, VFA/알칼리도 비가 0.3~0.4를 넘으면 산패(Acidification) 징후로 본다. 저해 발생 시 부하·온도 조정, 희석, 미량원소 보충, 전처리로 대응한다.
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