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혐기성 소화 이상상태는 pH 저하(산패)·가스발생량 감소·거품(스컴)·온도 변동 등으로 나타나며, 주원인은 유기물 과부하, 독성물질 유입, 온도 급변, C/N 불균형, 메탄생성균 활성 저하다. 산생성균과 메탄생성균의 활성 불균형으로 휘발성유기산(VFA)이 축적되고 pH가 6.5 이하로 떨어지면 소화가 정지된다. 대책은 부하·온도 안정화, 알칼리도 보충, 교반 강화, 독성물질 차단으로 균형을 회복하는 것이다.
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