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품종보호 심판제도는 품종보호권의 설정, 존속, 범위 등에 대한 분쟁을 해결하는 제도이다. 산업통상자원부 산하의 종자산업위원회가 정책 방향을 설정하고, 농림축산식품부 산하의 국립종자원이 심판을 수행하며, 특허법원이 심결취소소송을 담당한다. 이 세 기구는 품종보호 제도의 공정성과 효율성을 확보하는 데 중요한 역할을 수행한다.
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